Die Gemeinde Warth-Weiningen gibt es seit dem 1. Januar 1995. Damals schlossen sich die beiden ehemaligen Ortsgemeinden Warth und Weiningen zur neuen Politischen Gemeinde zusammen.
Die Geschichte von Warth ist eng mit jener des ehemaligen Kartäuserklosters Ittingen (1152 – 1848) verknüpft. So standen die ersten Bauernhäuser und Nebenbauten, am Verbindungsweg zwischen dem alten Dorfteil und dem Kloster. Auch die von weither sichtbare, katholische Kirche oberhalb der Kartäuser Rebberge wurde auf Druck der Frauen von Warth durch die Klosterbrüder errichtet. Nach Einführung der strengen Klosterregeln durften nämlich die Frauen die Klosterkirche nicht mehr besuchen, weshalb sie auf ein eigenes Gotteshaus pochten.
Weiningen, 1219 erstmals als "Winingin" urkundlich erwähnt, gehörte vorerst unter die niedere Gerichtsbarkeit der Kartause Ittingen. Die reformierte Kirche St. Nikolaus am östlichen Dorfrand gelegen wird erstmals 1486 beschrieben. Schon 1880, nach dem Bau der Rohrerbrücke über die Thur, trennte die Kantonsstrasse den westlichen Dorfteil vom übrigen dörflichen Gassenzug. Entlang der Durchgangsstrasse entstanden das alte Schulhaus Weiningen und verschiedene Gewerbebetriebe.
Mit dem Rückgang der Landwirtschaft in den beiden Dörfern wurde in den vergangenen Jahrzehnten die attraktive Wohnlage an den Südhängen über der Thur entdeckt. Seither entwickeln sich die beiden Dörfer zu einer typischen Thurgauer Landgemeinde mit günstigem Steuerfuss.